A APA Guandu abrange os municípios de Engenheiro Paulo de Frontin, Itaguaí, Japeri, Miguel Pereira, Nova Iguaçu, Paracambi, Piraí, Queimados, Rio Claro, Seropédica e Vassouras. A unidade de conservação tem por objetivo garantir a qualidade e quantidade da água da Bacia do Rio Guandu, protegendo os remanescentes florestais, margens fluviais, nascentes e encostas, nos trechos montanhosos e de baixadas, de modo a manter importantes fontes de abastecimento de água potável para a Região Metropolitana do Rio de Janeiro.
